Von 2004 bis 2020 war Jonathan Kaell Lehrbeauftragter für Dirigieren, Partiturspiel und Neue Musik an der Hochschule für Musik Saar. 2005 gründete er das hochschuleigene Schulmusikerorchester, 2007 folgte die Gründung eines Ensembles für Neue Musik („Grenzpunkt“).
Zwischen 2010 und 2013 hat Jonathan Kaell die Orchesterwerke der Luxemburger Komponistin Lou Koster herausgegeben und für das Label NAXOS eingespielt. Seit 2009 ist er musikalischer Leiter des Projekts „Opera mobile” und bringt regelmäßig Musiktheaterwerke in Luxemburg und der Großregion Saar-Lor-Lux auf die Bühne. Dabei wagt er sich mit viel Experimentierfreude und frischen Ideen oftmals auf unbekanntes Terrain: Im Januar 2024 wird er beispielsweise wird er mit Opera mobile die Operette „An der Schwemm” von Lou Koster, die bisher als verschollen galt und erst jüngst zufällig wiederentdeckt wurde, in einer von ihm herausgegebenen Fassung am Theater Esch/Alzette, am CAPe Ettelbrück sowie am Wiltzer Festival zu Gehör bringen. Seit Februar 2012 ist Jonathan Kaell musikalischer Leiter des Homburger Sinfonieorchesters